《温疫论》有原序及上、下两卷。上卷计50节(篇);下篇37节(篇),为我国第一部温病学专著。在“古法不合今病”的基础上,创“杂气”学说,突破了“百病皆生于六气”的传统观念,使温病病因学有了重大突破和发展。